Moleküler Biyoloji ve Genetikhttp://dspace.yildiz.edu.tr/xmlui/handle/1/1032026-05-01T23:30:54Z2026-05-01T23:30:54ZAlport sendromu ile ilişkili genlere ait varyasyonların yeni nesil dizileme (YND) metodu ile incelenmesiYavaş, Cüneydhttp://dspace.yildiz.edu.tr/xmlui/handle/1/134662023-07-24T07:30:59Z2022-01-01T00:00:00ZAlport sendromu ile ilişkili genlere ait varyasyonların yeni nesil dizileme (YND) metodu ile incelenmesi
Yavaş, Cüneyd
Alport sendromu (AS), kalıtsal bir nefrit olup, sensörinöral işitme kaybı ve ilerleyen vakalarda bazen gözlenen farklı göz değişiklikleri ile karakterize bir sendromdur. İlk olarak 1900'lerin başında rapor edilmiştir. Böbrek hastalıklarının incelenmesi ve değerlendirilmesi açısından göz önünde bulundurulan ve üzerinde çokça araştırma yapılmış bir sendromdur. Genel olarak, bu sendromun teşhisi klinik belirtilere ve aile üyelerinin dikkatli muayenesine ve bazal membran yapısının elektron mikroskobik değerlendirmesine dayanır. Hastalık esas olarak X'e bağlı baskındır. Ancak hastalığın otozomal resesif AS ve otozomal dominant AS vakaların sırasıyla yaklaşık %15 ve %20'sini oluşturur. Hastalığın genel popülasyondaki prevalansı net olmamakla birlikte 1/10000-50000 civarında olduğu tahmin edilmektedir. Alport sendromu, bazal membranın temel bileşenlerinden biri olan tip IV kollajenin α3, α4 ve α5 zincirlerini kodlayan COL4A3, COL4A4 ve COL4A5 genlerindeki patojenik varyasyonlardan kaynaklanır. Türkiye'nin farklı yerlerinde yaşayan AS şüphesi ile genetik kliniğine başvurmuş 125 hastanın erişkin ve pediatrik hastayı kapsayan bu çalışmada hastaların klinik bulguları ve genetik sonuçları incelenmiştir. Hastaların ilk değerlendirmedeki ortalama yaşları xiv 23.05±20 yıl (3-63 yaş) olarak hesaplanmıştır. Çalışmada yer alan hastaların 61'i (%48,8) kadın, 64'ü (%51,2) erkek olup kadın/erkek oranı 0,95'dir. Hastalarda en sık bulgu hematüriydi ve bunu ikinci olarak proteinüri izlemiştir. 18 hastada işitme kaybı tespit edildi. 45 hastada ise böbrek hastalıkları olduğu gözlendi. Fakat hastaların hepsinde klinik ile ilişkili olduğu düşünülen bir varyasyona rastlanmamıştır. 27 hastanın kliniğini açıklayabilecek tek gen ya da digenik patojenik/muhtemel patojenik varyasyona rastlandı. 16 hastada ise klinik önemi belirsiz (VUS) varyasyon tespit edilmiştir. Varyasyon tespit edilemeyen 82 hastanın AS ile benzer diğer sendrom ya da hastalıklar açısından değerlendirilmesi önerilmiştir. Bazı genetik hastalık grupları AS benzeri klinik göstermektedir. AS ile ilişkili genlerde klinik olarak ilişkili varyasyonlara sahip olmayan bu 85 hasta, Epstein sendromu, Fechtner sendromu, May-Hegglin anomalisi, Fabry hastalığı, Alport benzeri glomerülonefrit, MYH9 gen varyasyonları ve Sebastian sendromlarına benzer kliniklere sahip olduğundan, bu hastalıklarla ilişkili olduğu tahmin edilmektedir. Bu hastaların muhtemel diğer hastalıklar için daha fazla inceleme ile yeniden değerlendirilmesi gerekir. Bu çalışmamız 125 hastanın yeni nesil dizileme analizi sonucunda; 50 missense, 8 delesyon/duplikasyon, 17 splice bölge mutasyonu (+-20 baz), 3 3'UTR ve 25 sinonim (sessiz) varyasyonu olmak üzere toplam 103 varyasyon tespit edilmiştir. Bu varyasyonların 21'ü patojenik/muhtemel patojenik, 17'si VUS, 63'ü benign/muhtemel benign kriterlerinde saptanmıştır. Bu 103 varyasyondan 33 tanesinin yeni varyasyon olduğu saptanmıştır.; Alport syndrome (AS) is a hereditary nephritis, characterized by sensorineural
hearing loss and different eye changes sometimes observed in progressive cases.
It was first reported in the early 1900s. It is a syndrome that is considered in terms
of the examination and evaluation of kidney diseases, and it is a syndrome that
has been extensively researched and published. In general, the diagnosis of this
syndrome is based on clinical signs and careful examination of family members
and electron microscopic evaluation of basement membrane structure. The
disease is mainly X-linked dominant. However, autosomal recessive AS and
autosomal dominant AS constitute approximately 15% and 20% of the cases,
respectively. Although the prevalence of the disease in the general population is
not clear, it is estimated to be around 1/10000-50000. Alport syndrome is caused
by pathogenic variations in the COL4A3, COL4A4 and COL4A5 genes encoding
the α3, α4 and α5 chains of type IV collagen, one of the main components of the
basement membrane.
In this study, which included 125 adult and pediatric patients who were born in
different parts of Turkey and applied to the genetic clinic with the suspicion of AS,
16
the clinical findings and genetic results of the patients were analyzed. The mean
age of the patients at the first evaluation was calculated as 23.05±20 years (3-63
years). Of the patients included in the study, 61 (48.8%) were female and 64
(51.2%) were male, with a female/male ratio of 0.95. The most common finding
in patients was hematuria, followed by proteinuria. Hearing loss was detected in
18 patients. Renal diseases were observed in 45 patients. However, no variation
thought to be clinically relevant was found in all patients. A single gene or digenic
variation was found that could explain the clinic of 27 patients. In 16 patients,
variation of uncertain clinical significance (VUS) was detected. It was
recommended that 82 patients with no variation be evaluated for other syndromes
or diseases similar to AS. It was recommended to evaluate 82 patients whose
variation could not be detected in terms of other syndromes or diseases similar to
AS. Some genetic disease groups show AS-like clinic. These 85 patients without
clinically related variations in AS-related genes are estimated to be associated with
these diseases, as they have clinics similar to Epstein syndrome, Fechtner
syndrome, May-Hegglin anomaly, Fabry disease, Alport-like glomerulonephritis,
MYH9 gene variations, and Sebastian syndromes. These patients are needed to be
re-evaluated with further examination for other possible diseases.
As a result of the new generation sequencing analysis of 125 patients in this study;
A total of 103 variations were detected, including 50 missense, 8
deletion/duplication, 17 splice region mutations (+-20 base), 3 3'UTR and 25
synonymous variations. 21 of these variations were pathogenic/likely pathogenic,
17 were of VUS, and 63 were found to be benign /likely benign. 33 of these 103
variations were determined as novel variations.
Tez (Doktora) - Yıldız Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2022
2022-01-01T00:00:00ZYeni nesil dizileme yöntemi ile Türk fındığı (Corylus colurna L.) ve tombul fındığın (Corylus avellana L.) transkriptom analizlerinin yapılması ve karşılaştırılmasıUlu, Salihhttp://dspace.yildiz.edu.tr/xmlui/handle/1/132902023-04-04T08:17:11Z2022-01-01T00:00:00ZYeni nesil dizileme yöntemi ile Türk fındığı (Corylus colurna L.) ve tombul fındığın (Corylus avellana L.) transkriptom analizlerinin yapılması ve karşılaştırılması
Ulu, Salih
Fındık, tarih boyunca insanlar için değerli bir gıda olmuştur. Gıda sektöründe çerez olarak, özellikle pasta ve çikolata yapımında tüketilmesi yanı sıra yağ bitkisi olarak kullanılan, ekonomik değeri oldukça yüksek bir bitkidir. Huşgiller (Betulaceae) familyasından Coryleae alt familyasının Corylus cinsi içerisinde tanımlanan 25'ten fazla türün ticari olarak en çok tercih edilenleri ise Anadolu kaynaklı olanlarıdır. Tüm dünyanın ihtiyacının yaklaşık %70'inin Türkiye'den karşılanması ve ana vatanının Türkiye olması ayrıca Türk ekonomisine katkısı açısından da oldukça önemli bir bitkidir. Ülkemizde birçok çeşidinin ticari olarak yetiştirilmesine rağmen, en yaygın olarak yetiştirilen türleri; ticari olarak en çok tercih edilen Tombul çeşidi olarak isimlendirilen Corylus avellana L. Tombul ve ağaç formunda olan ve güçlü kök yapısı sebebiyle ıslah çalışmalarında anaç olarak kullanılan ve Türk Fındığı olarak bilinen Corylus colurna L.'dir. Bu çalışmada Giresun Fındık Araştırma Enstitüsünün koleksiyonunda yer alan Tombul ve Türk fındık ağaçlarının yaprak, erkek ve dişi çiçek, tomurcuk ve zuruflarından total RNA izolasyonu yapıldı. Yeni Nesil Dizileme teknolojisi kullanılarak Illumina HiSeq4000 ile iki uçlu olarak 100 bp uzunluklarında okumalardan oluşan iki farklı kütüphane oluşturuldu. Dizileme sonrası C. colurna L. ve C. avellana L. Tombul'dan yaklaşık 10,30 GB ve 10,48 GB transkriptom verisi elde edildi. C. colurna L. ve C. avellana L. Tombul okumaları de novo olarak 95979 transkripte derlendi. TRAPID platformu kullanılarak transkriptlerin GO ve KEGG fonksiyonel özellikleri belirlendi. C. colurna L. ve C. avellana L. Tombul için sırasıyla 27051 ve 25312 SSR tanımlandı. RNA-seq verilerinin qPCR ile validasyonu için TL1, GMPM1, N, 2MMP, At1g29670, CHIB1 genleri seçildi. Yapılan bu çalışma ile Anadolu kaynaklı iki fındık türü; en kaliteli fındık kabul edilen Tombul çeşidi fındığın ve anaç olarak kullanılan Türk Fındığının ilk defa kapsamlı transkriptom analizi yapıldı, bu fındık türlerinin gen ekspresyon profilleri ilk defa karşılaştırılarak geniş bir bilgi elde edildi. Bu veriler fındık yetiştiriciliği, tıbbi ve endüstriyel araştırmalar için açık bir kaynak oluşturacaktır.
Tez (Doktora) - Yıldız Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2022
2022-01-01T00:00:00ZMutant ve mutant olmayan çeltik bitkilerinde tuz stresinin morfolojik, fizyolojik, biyokimyasal ve moleküler etkileriArvas, Yunus Emrehttp://dspace.yildiz.edu.tr/xmlui/handle/1/132892023-04-04T10:32:31Z2022-01-01T00:00:00ZMutant ve mutant olmayan çeltik bitkilerinde tuz stresinin morfolojik, fizyolojik, biyokimyasal ve moleküler etkileri
Arvas, Yunus Emre
Bu çalışma, in vitro ortamda Murashige ve Skoog (MS) besi yerinde on beş ve otuz günlük iki farklı zaman diliminde, 50 mM, 100 mM ve 200 mM NaCI konsantrasyonlarında mutant bir varyete (Oryza sativa L. cv. Kızıltan mutant) ve mutant olmayan üç varyete (Oryza sativa L. cv. Maraş sarı çeltik, Kızıltan ve dhan 47) kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Çalışmada altı farklı morfolojik parametre (kök ağırlığı, kök uzunluğu, bitki ağırlığı, gövde uzunluğu, kök sayısı ve yaprak sayısı), çözünebilir protein miktarı, antioksidan enzim aktiviteleri, gen anlatımları ve retrotranspozon polimorfizmleri analiz edilmiştir. Varyeteler arasında 30 günlük gövde uzunluğu sonuçlarında en fazla uzunluk Maraş varyetesinde, en az uzunluk dhan 47 bitkisinde gözlenmiştir. Kök uzunlukları üzerinde 100 mM'a kadarki tuz konsantrasyonlarında olumsuz etkisi gözlenmezken, 200 mM ortamda olumsuz etki ettiği gözlenmiştir. Kızıltan varyetesinde yapraklardaki SOD aktivitesinin kontrole göre azaldığı gözlenirken köklerde 100 mM tuz konsantrasyonuna kadar artan aktivite gösterdiği gözlenmiştir. Dhan 47 varyetesinde yapraklardaki en fazla CAT aktivitesinin 50 mM konsantrasyonda olduğu gözlenirken, köklerde azalan aktivite gösterdiği gözlenmiştir. Otuz günlük sonuçlarda yaprak ve köklerde tüm çeltik varyetelerinde kontrole göre FDH aktivitesinin arttığı gözlenmiştir. Gen anlatımı analizlerinde, köklerde en yüksek (7 kat) gen anlatımı Kızıltan 100 mM tuz konsantrasyonda gözlenmiştir. Yapraklarda ise en yüksek (14 kat) anlatım 200 mM tuz konsantrasyonunda, Kızıltan mutant yaprağında olmuştur. Elde edilen sonuçlar ile tuz stresine duyarlı ve dirençli farklı çeltik varyetelerinin tuzluluğun giderek arttığı tarım arazilerinde kullanılabilirliğine katkı sağlaması beklenmektedir. Retrotranspozon çalışmaları ise, aynı varyetenin ve farklı çeltik varyetelerinin farklı tuz konsantrasyonlarında farklı bant profilleri ve polimorfizm oranlarının elde edilmesi ile sonuçlanmıştır. Mutant örneklerde Jaccard benzerlik indeksi ile yapılan hesaplamada IRAP ve REMAP analizlerinde polimorfizm oranlarının Houba için % 0- 98 arasında değiştiği ve mutant varyetelerin mutant olmayan varyetelere kıyaslandığında IRAP ve REMAP sonuçlarında değerli sonuçlar verdiği gözlenmiştir. Bu çalışma, uygun retrotranspozonlarla çeltik bitkisinde farklı tuz konsantrasyonlarında retrotranspozonlar hakkında değerli veriler göstermiştir. Bu sonuçlar, test edilen tüm retrotranspozonların hala aktif olduğunu ve çeltik bitkileri arasında genomik polimorfizme neden olduğunu göstermektedir.
Tez (Doktora) - Yıldız Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2022
2022-01-01T00:00:00ZAlport sendromu ile ilişkili genlere ait varyasyonların yeni nesil dizileme (YND) metodu ile incelenmesiYavaş, Cüneydhttp://dspace.yildiz.edu.tr/xmlui/handle/1/132882023-04-04T08:09:28Z2022-01-01T00:00:00ZAlport sendromu ile ilişkili genlere ait varyasyonların yeni nesil dizileme (YND) metodu ile incelenmesi
Yavaş, Cüneyd
Alport sendromu (AS), kalıtsal bir nefrit olup, sensörinöral işitme kaybı ve ilerleyen vakalarda bazen gözlenen farklı göz değişiklikleri ile karakterize bir sendromdur. İlk olarak 1900'lerin başında rapor edilmiştir. Böbrek hastalıklarının incelenmesi ve değerlendirilmesi açısından göz önünde bulundurulan ve üzerinde çokça araştırma yapılmış bir sendromdur. Genel olarak, bu sendromun teşhisi klinik belirtilere ve aile üyelerinin dikkatli muayenesine ve bazal membran yapısının elektron mikroskobik değerlendirmesine dayanır. Hastalık esas olarak X'e bağlı baskındır. Ancak hastalığın otozomal resesif AS ve otozomal dominant AS vakaların sırasıyla yaklaşık %15 ve %20'sini oluşturur. Hastalığın genel popülasyondaki prevalansı net olmamakla birlikte 1/10000-50000 civarında olduğu tahmin edilmektedir. Alport sendromu, bazal membranın temel bileşenlerinden biri olan tip IV kollajenin α3, α4 ve α5 zincirlerini kodlayan COL4A3, COL4A4 ve COL4A5 genlerindeki patojenik varyasyonlardan kaynaklanır. Türkiye'nin farklı yerlerinde yaşayan AS şüphesi ile genetik kliniğine başvurmuş 125 hastanın erişkin ve pediatrik hastayı kapsayan bu çalışmada hastaların klinik bulguları ve genetik sonuçları incelenmiştir. Hastaların ilk değerlendirmedeki ortalama yaşları xiv 23.05±20 yıl (3-63 yaş) olarak hesaplanmıştır. Çalışmada yer alan hastaların 61'i (%48,8) kadın, 64'ü (%51,2) erkek olup kadın/erkek oranı 0,95'dir. Hastalarda en sık bulgu hematüriydi ve bunu ikinci olarak proteinüri izlemiştir. 18 hastada işitme kaybı tespit edildi. 45 hastada ise böbrek hastalıkları olduğu gözlendi. Fakat hastaların hepsinde klinik ile ilişkili olduğu düşünülen bir varyasyona rastlanmamıştır. 27 hastanın kliniğini açıklayabilecek tek gen ya da digenik patojenik/muhtemel patojenik varyasyona rastlandı. 16 hastada ise klinik önemi belirsiz (VUS) varyasyon tespit edilmiştir. Varyasyon tespit edilemeyen 82 hastanın AS ile benzer diğer sendrom ya da hastalıklar açısından değerlendirilmesi önerilmiştir. Bazı genetik hastalık grupları AS benzeri klinik göstermektedir. AS ile ilişkili genlerde klinik olarak ilişkili varyasyonlara sahip olmayan bu 85 hasta, Epstein sendromu, Fechtner sendromu, May-Hegglin anomalisi, Fabry hastalığı, Alport benzeri glomerülonefrit, MYH9 gen varyasyonları ve Sebastian sendromlarına benzer kliniklere sahip olduğundan, bu hastalıklarla ilişkili olduğu tahmin edilmektedir. Bu hastaların muhtemel diğer hastalıklar için daha fazla inceleme ile yeniden değerlendirilmesi gerekir. Bu çalışmamız 125 hastanın yeni nesil dizileme analizi sonucunda; 50 missense, 8 delesyon/duplikasyon, 17 splice bölge mutasyonu (+-20 baz), 3 3'UTR ve 25 sinonim (sessiz) varyasyonu olmak üzere toplam 103 varyasyon tespit edilmiştir. Bu varyasyonların 21'ü patojenik/muhtemel patojenik, 17'si VUS, 63'ü benign/muhtemel benign kriterlerinde saptanmıştır. Bu 103 varyasyondan 33 tanesinin yeni varyasyon olduğu saptanmıştır.
Tez (Doktora) - Yıldız Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2022
2022-01-01T00:00:00Z